Comme indiqué en préambule, la GEMAPI poursuit deux grands objectifs (Restauration Ecologique des milieux aquatiques et Prévention des Inondations). Par facilité, il n’est pas rare de dissocier la « GEMA » de la « PI », malgré leur forte interaction technique.
La GEMA va concerner plus particulièrement les actions (études ou travaux) relatives à la protection des Zones Humides et à la protection des milieux environnant au cours d’eau, milieux souvent riches de biodiversité.
La PI va elle concerner plus particulièrement les travaux d’élargissement et de renaturation de cours d’eau, la remise en fonction de zones d’expansions de crues, ou encore la création d’ouvrage écreteurs.
Il est relativement évident qu’une action à priori « GEMA » aura aussi des bénéfices sur la PI (restaurer une zone humide permettra de prévenir des inondations), et inversement (renaturer un cours d’eau permettra à ce dernier d’augmenter son potentiel écologique).